Flugmálastjórn Íslands fer með stjórnsýslu og eftirlit á sviði loftferða hér á landi og á íslensku yfirráðasvæði. Stofnunin annast samskipti við alþjóðastofnanir og flugmálayfirvöld annarra ríkja og sér til þess að flugöryggis- og flugverndarviðmið, uppfylli alþjóðakröfur og skuldbindingar eftir því sem kveðið er á um í lögum um stofnunina, lögum um loftferðir og alþjóðasamningum. Flugmálastjórn Íslands stuðlar jafnframt að framgangi flugs á Íslandi og fylgist með íslenskum flugrekendum um allan heim.